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结直肠癌组织中泛素化修饰蛋白的蛋白质组学分析
杨照微 , 王晶莹 , 李时孟 , 李晓鸥 , 谢风 , 何成彦
doi:  10.19756/j.issn.0253-3820.181661
蛋白质泛素化修饰在结直肠癌的发生、发展和转移等过程中,发挥着重要作用。本研究提取结直肠癌组织中总蛋白,经胰酶水解得到多肽混合物,利用免疫沉淀技术对其中含-GG标签的肽段富集纯化,最后利用液相色谱-质谱联用技术对富集肽段进行分析,经数据库检索鉴定蛋白。结果表明,在结直肠癌组织中,鉴定得到归属为328种蛋白的2036个肽段。其中,含-GG标签的修饰肽段数为1497个,归属287种蛋白。在鉴定得到的含有-GG标签的肽段中,除了大部分含有1个-GG标签的肽段外,还包括31个含有2个-GG标签的肽段以及3个含有3个-GG标签的肽段。在鉴定得到的泛素化修饰的蛋白中,发现许多与结直肠癌密切相关的蛋白,包括胸腺素α原(Prothymosin alpha)、转化酸性含卷曲螺旋蛋白3(Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3)、中性氨基酸转运蛋白B(0)(Neutral amino acid transporter B(0))等。对所鉴定的泛素化修饰蛋白的生物信息学分析表明,结直肠癌组织中泛素化修饰蛋白涵盖了多种基本的生物学过程和分子功能,在细胞内的各个亚细胞器及胞外基质成分中均有分布。本研究对结直肠癌组织中的泛素修饰蛋白的种类、分布等情况提供了一种特异、有效的研究方法,研究结果为深入研究结直肠癌中泛素化修饰调控分子机制提供了基础数据。
关键词: 结直肠癌, 泛素化修饰, 蛋白质组
基于二级质谱数据的非标记定量人肾透明细胞癌组织蛋白质组学研究
郭佳 , 刘金华 , 杨照微 , 李毅 , 何成彦
doi:  10.19756/j.issn.0253-3820.201373
晚期肾癌的化学疗法或放射疗法效果均不佳,缺少有效的诊疗分子靶标和治疗手段。本研究基于二级质谱(MS2)数据的非标记定量蛋白质组学方法,对晚期肾透明细胞癌和对应的肾脏正常组织样本进行了蛋白质组学分析,共鉴定出2406个蛋白质。采用谱图计数和MS2总离子流(Total ion current,TIC)两种数据处理方法,对蛋白质组学鉴定结果数据进行定量分析。结果表明,MS2总离子流方法可筛选出144个差异蛋白,谱图计数方法筛选出120个差异蛋白,MS2总离子流方法优于谱图计数方法。两种方法共筛选出147个差异蛋白。其中,肿瘤组织上调蛋白有46个,包括膜联蛋白A4、层粘连蛋白α-4亚基、丙酮酸激酶、ATP-柠檬酸合成酶、组蛋白H1.5和碳酸酐酶9等;下调蛋白有101个,包括电子转移黄素蛋白β亚基、3-酮脂酰基CoA硫解酶、绒毛蛋白-1、V型质子ATP合成酶F亚基、线粒体磷酸盐载体蛋白、细胞色素b-c1复合物8亚基、多重耐药抗性蛋白1、视黄醛脱氢酶2和尿调蛋白等。使用MS1数据对部分差异蛋白分析结果进行了相互验证。本研究基于MS2数据的非标记定量分析研究方法,对肾透明细胞癌组织进行蛋白质组学分析,筛选出的差异蛋白可作为肾透明细胞癌诊治、预后判断的候选标志物,为寻找晚期肾透明细胞癌有效的治疗靶点提供了基础数据。
关键词: 蛋白质组, 谱图计数, 二级质谱总离子流, 非标记定量, 肾透明细胞癌