采用基于液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）联用技术的植物代谢组学分析方法，以采集自阿勒泰富蕴、哈密两个地区的新疆一枝蒿植物为研究对象，开展多维度代谢组分析，从人工栽培和野生品种两种角度，花、茎、枝叶3个层面，考察产地对于内源性代谢物的影响。同时，靶向分析了25种已知代表性代谢物在不同组别中的水平；结合非靶向与靶向分析，阐明不同产地该植物的代谢特征。结果表明，无论是人工栽培品种还是野生品种，不同产地样本的代谢组之间具有显著差异，在野生品种中表现更为突出。最终，从人工栽培品种筛选出29种已知结构类别的差异代谢物，包括10种黄酮类化合物、12种绿原酸类似物、7种一枝蒿酮酸衍生物；从野生品种筛选出45种已知结构类别的差异代谢物，包括17种黄酮类化合物、14种绿原酸类似物、14种一枝蒿酮酸衍生物。25种已知代表性代谢物中，8种在人工栽培品种中、11种在野生品种中表现出了产地差异性。本研究为药用植物新疆一枝蒿的产地鉴别、质量评价体系建立提供了新的研究策略和研究基础。